قلم نوت 9 نسبت به نسل های قبلی بهبودهای فراوان داشته است و استفاده از آن لذت بخش تر شده است. این قلم مجهز به بلوتوث است. قلم نوت 9 بهترین استایلوس ساخته شده توسط سامسونگ تاکنون است. قلم نوت 9 به بلوتوث کم مصرف یا BLE مجهز شده, مانند یک ریموت کنترل برای کنترل کردن دستگاه از راه دور به کار می رود. بصورت پیش فرض با نگه داشتن دکمه وسط قلم اپلیکیشن دوربین باز می شود، با یک فشار عکس می گیرد و با 2 بار فشار دادن دوربین بین عقب یا جلو تعویض می شود.با مراجعه به تنظمیات گوشی می‌توان نحوه عمکلرد دکمه های قلم را تغییر بدهید و شخصی سازی کنید. قلم نوت 9 برای عکاسی سلفی نیز بسیار کاربردی است. کافی است گوشی را روی مونوپاد قرارداده و از راه دور با دکمه روی قلم عکسبرداری کنید. با قلم نوت 9 هنگامی که روی صفحه خاموش نمایشگر یادداشت برداری می‌کنید, نوشته به همان رنگی ثبت می شود که روی بدنه قلم وجود دارد، غیر از قلم مشکی که با رنگ سفید می نویسد. به دلیل مجهز شدن قلم نوت 9 به بلوتوث امکان استفاده از آن به عنوان ریموت کنترل وجود دارد. با دوبار فشردن دکمهروی قلم، برنامه دوربین باز شده و به عنوان شاتر می‌توان از آن استفاده کرد. همچنین امکان کنترل اپلیکیشن‌های مختلف مانند موزیک، گالری، یوتیوب، ضبط صدا و… نیز وجود دارد.هنگام گوش دادن به موسیقی با دکمه قلم می‌توان آهنگ پخش یا متوقف کنید.با استفاده از درگاه USB Type C گوشی گلکسی نوت 9 را به دستگاه پروژکتور متصل کنید, سپس با استفاده از دکمه قلم S Pen اسلایدهای پاورپوینت را کنترل کنید. از راه دور فقط با فشردن دکمه قلم اسلایدها را جلو و عقب کنید.قلم نوت 9 شارژی است و با قرار دادن داخل گوشی به مدت 40 ثانیه از 0 تا 100 شارژ می شود. با هر بار شارژ برای فشردن 200 بار دکمه یا نیم ساعت در حالت استندبای (خارج از گوشی) شارژدهی دارد. قلم نوت 9 خارج از دستگاه تا 10 متر برد دارد.اگر مشغول تماشا فیلم روی گوشی گلکسی نوت 9 هستید دکمه قلم S Pen به عنوان ریموت برای توقف یا پخش ویدئو کاربرد دارد. همچنین برای کنترل موسیقی نیز کاربرد دارد.